Kisshomaru Ueshiba s-a născut în Ayabe, prefectura Kyoto în 27 iunie 1921 fiind al patrulea copil (al treilea fiu) al lui Morihei Ueshiba. Întrebat într-un interviu când a început să practice artele marţiale, el a răspuns ” un băiat crescut pe lângă templu va cânta sutra fără a fi învăţat… în acelaşi mod, mi-am început antrenamentele când eram copil fără a realiza acest lucru. În jurul anului 1936 a devenit o datorie pentru mine să fiu uke pentru tatăl meu în timpul demonstraţiilor…am practicat pentru scurtă vreme kendo … şi, de asemenea, vechiul stil Kashima Shinto-ryu”. Kisshomaru apare în multe fotografii din manualul pentru antrenamente pe care îl publică Morihei Ueshiba în 1938.
A absolvit Universitatea Waseda în 1942, având o diplomă în economie. În primele zile ale Războiului i se încredinţează conducerea Dojo-ului Kobukan. Dar în acea perioadă erau puţini studenţi la Dojo, aşa că îndatoririle lui Kisshomaru erau, mai degrabă, administrative.
După terminarea Războiului, artele marţiale au fost interzise de forţele aliate, iar Kisshomaru deschide porţile dojo-ului pentru a găzdui sutele de oameni rămaşi fără case în urma bombardamentelor. În această perioadă îşi împarte timpul între Tokyo şi Iwama. S-a angajat full-time la o firmă de securitate unde predă aikido dimineaţa şi seara. Tatăl său rămâne la Iwama antrenând câţiva studenţi apropiaţi, între care şi Morihiro Saito.
În 1957 Kisshomaru publică prima carte, intitulată Aikido, urmată la intervale regulate de încă cel puţin 20.
Fiul Fondatorului a pus bazele unei organizaţii non-profit, recunoscută de guvern, organizaţie care există şi astăzi sub numele de Zaidan Hojin Aikikai
Dezvoltarea Aikido continuă constant si apar dojo-uri in multe orase. Numele de aikido devine familiar marelui public japonez. Kisshomaru a coordonat trimiterea Shihan-ilor japonezi peste oceane cu scopul de a dezvolta această organizaţie în lume şi el însuşi merge pentru prima oară în Statele Unite în 1963, împreună cu Koichi Tohei. Kisshomaru şi Koichi Tohei erau figurile majore la Hombu Dojo. După moartea lui O Sensei, în 1969, Kisshomaru Ueshiba a fost numit al doilea Doshu al Aikido.
A întreţinut, de asemenea, relaţii cu oficialii din guvern, dar şi cu oamenii de afaceri japonezi. Standardele înalte de educaţie şi respectul pe care Aikido l-a cunoscut se datoreaza îndeosebi eforturilor sale.
Kisshomaru Ueshiba a murit în 1999 în Tokyo, transformând cu succes viziunea tatălui său într-o mişcare internaţională.